Procurei muitas formas na internet de fazer isso funcionar, desabilitar o touchpad do note quando conecto um mouse usb, tudo isso no ubuntu, nada do que encontrava fazia efeito, enfim, encontrei algo feito em python que resolveu o problema, nesse blog.
arquivo: mouseSwitcher
salve o arquivo como .py em alguma pasta e de permissoes de execução
depois adicione em Sistema -> Preferências -> Aplicativos de Sessão ( System -> Preferences -> Startup Applications)
Log-out e log-in e correr pro abraço.
não funciona no ubuntu 10.10